Il "Disk Sector Alignment" (chiamao altrimenti "Partition Aligment") è una delle cose più importante da fare prima del deployment di SQL Server, al fine di effettuare il corretto tuning del sistema I/O. Il non-allineamento (misalignment) può avere un impatto negativo sulle performance dal 30 al 70%!!!! Whitepaper da leggere e da seguire:

Disk Partition Alignment Best Practices for SQL Server

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/dd758814.aspx